Trong những ngày dưỡng bệnh, vì quá buồn chán, Inhaxiô nói người thân đem đến mấy cuốn tiểu thuyết kiếm hiệp để đọc cho đỡ buồn vì ông vốn là một chiến binh nên rất mê thể loại này. Nhưng vì trong nhà không có cuốn tiểu thuyết nào nên người ta mang cho ông một cuốn sách tựa đề Cuộc đời Chúa Kitô và cuốn Hạnh các thánh viết bằng tiếng Tây Ban Nha. Dần dần, những quyển sách này đã thu hút ông. Và khi đọc về cuộc đời của thánh Phanxicô thành Assisi, Thánh Đa Minh và nhiều tu sĩ nổi tiếng khác, Inhaxiô quyết tâm noi gương họ hiến mình để đi chinh phục Đất Thánh cho Kitô giáo. Sau khi phục hồi, Inhaxiô đến thăm tu viện Santa Maria de Montserrat của dòng Biển Đức. Tại đây, ông treo bộ quân phục của mình trước một bức hình Đức Mẹ Maria. Sau đó, ông đến thị trấn Manresa, Catalonia và đã dành nhiều tháng sống trong một hang động để thực hành khổ hạnh khắt khe. Tại Manresa, Inhaxiô bắt đầu thay đổi lối sống và cảm nghiệm sự thay đổi trong tâm hồn xen lẫn niềm vui và nỗi khổ đau.

Năm 1523, ông làm một cuộc hành hương đến Đất Thánh (tức Jerusalem). Ông có ý định ở lại đây để viếng thăm các nơi thánh thiêng và đồng thời giúp đỡ các linh hồn. Vì thế ông đã đem theo sẵn vài lá thư giới thiệu với các linh mục bề trên nhà dòng. Tuy nhiên, linh mục bề trên nhà dòng trả lời rằng không có cách nào để Inhaxiô ở lại đây được, bởi vì tu viện quá thiếu thốn, không đủ nuôi các tu sĩ hiện có, thậm chí họ còn muốn gửi một vài tu sĩ về lại châu Âu cùng với chuyến đi của các người hành hương. Linh mục này khuyên Inhaxiô lên hỏi ý kiến linh mục giám tỉnh. Linh mục giám tỉnh cũng không đồng ý cho Inhaxiô ở lại vì linh mục này có đặc quyền của Tòa Thánh là trục xuất ai nếu muốn. Inhaxiô đành phải rời Jerusalem.

Trở về Tây Ban Nha, vào năm 1524, Inhaxiô bắt đầu học tiếng Latinh vì muốn trở thành linh mục. Sau đó, ông tiếp tục sang Paris - là trung tâm văn hóa nổi danh nhất châu Âu thời ấy để nghiên cứu thần học.

Năm 1534, ông đã tập hợp một số sinh viên Đại học Phanxicô Xaviê là Alfonso Salmeron, Laynez Diego, Nicholas Bobadilla (đều là người Tây Ban Nha); Peter Faber (người Pháp) và Simao Rodrigues (người Bồ Đào Nha). Sáu người họ đã gặp mặt và đã tuyên thệ làm việc gắn bó cùng nhau trong suốt đời của họ. Inhaxiô thiết lập nhóm này làm nền tảng của Dòng Tên ngày nay. Năm 1535, ông tốt nghiệp hai bằng: cử nhân triết học và cao học thần học. Một năm sau, ông được thụ phong linh mục và cử hành thánh lễ mở tay năm 1536.